En una segunda parte del estudio, el equipo de investigación también analizó cerca de 2,000 mutaciones que han surgido.
Por Grupo Zócalo
Ciudad de México.- Pocos meses después de declarase la pandemia de COVID-19, al inicio de 2020, los cientÃficos secuenciaron el genoma del virus, el SARS-CoV-2, pero aún seguÃan sin conocerse muchos genes codificadores de proteÃnas. Ahora, un estudio de genómica comparativa ha permitido generar el mapa genético más preciso y completo del virus.
Hecho por investigadores del Instituto de TecnologÃa de Massachusetts (MIT) y publicado este martes en la revista Nature Communications, el estudio ha confirmado varios genes codificadores de proteÃnas y ha descubierto que otros -que se habÃan propuesto como genes- no codificaban ninguna proteÃna.
“Pudimos utilizar este potente enfoque de genómica comparativa de firmas evolutivas para descubrir el verdadero contenido funcional de codificación de proteÃnas de este genoma de enorme importanciaâ€, destaca Manolis Kellis, autor principal del estudio y profesor de ciencias de la computación del MIT, y miembro del Instituto Broad del MIT y Harvard.
En una segunda parte del estudio, el equipo de investigación también analizó cerca de 2,000 mutaciones que han surgido en el SARS-CoV-2 desde el inicio de la pandemia, lo que les permitió evaluar la importancia que pueden tener esas mutaciones y su capacidad para evadir el sistema inmunitario o volverse más infeccioso.
Se sabÃa que, con casi 30,000 bases de ARN, el genoma del SARS-CoV-2 tiene varias regiones que codifican genes de proteÃnas y otras de las que habÃa sospechas, pero no se habÃan clasificado definitivamente.
Para determinar qué partes del genoma del SARS-CoV-2 contiene realmente genes, los investigadores recurrieron a la genómica comparativa, y compararon el SARS-CoV-2 (que pertenece a un subgénero de virus llamado Sarbecovirus, que infecta a los murciélagos) con el SARS-CoV (que causó el brote de SARS de 2003) y 42 cepas de sarbecovirus de murciélagos.
AsÃ, confirmaron seis genes codificadores de proteÃnas en el genoma del SARS-CoV-2, además de los cinco que están bien establecidos en todos los coronavirus.
También determinaron que la región que codifica un gen llamado ORF3a también codifica un gen adicional, el ORF3c, que tiene bases de ARN que se solapan con el ORF3a, pero que están en un marco de lectura diferente, algo raro en los genomas grandes, pero común en muchos virus y que, en el caso del SARS-CoV-2, aún no se sabe qué función tiene.
Los investigadores también demostraron que otras cinco regiones que se habÃan propuesto como posibles genes no codifican proteÃnas funcionales, y descartaron que queden otros por descubrir.
Además, los autores vieron que muchos trabajos anteriores utilizaban no sólo conjuntos de genes incorrectos, sino también, a veces, nombres contradictorios, por lo que, en un artÃculo paralelo publicado recientemente en la revista Virology, presentaron unas recomendaciones para nombrar los genes del SARS-CoV-2.
En el estudio, los investigadores también analizaron más de 1,800 mutaciones que han surgido en el SARS-CoV-2 y descubrieron que, en la mayorÃa de los casos, los genes que evolucionaban rápidamente antes de la pandemia han seguido haciéndolo, y los que tendÃan a evolucionar lentamente han mantenido esa tendencia.
Asimismo, analizaron las mutaciones que han surgido en variantes preocupantes, como la cepa británica, la de Brasil y la de Sudáfrica y observaron que muchas de las mutaciones que hacen que esas variantes sean más peligrosas se encuentran en la proteÃna de la espiga, que ayuda al virus a propagarse con rapidez y a evitar el sistema inmunitario.
Sin embargo, cada una de esas variantes tiene “más de 20 mutaciones más, y es importante saber cuáles de ellas pueden hacer algo y cuáles noâ€, advierte Irwin Jungreis, autor principal del estudio e investigador del MIT.
Para los autores estos datos podrÃan ayudar a otros cientÃficos a centrar su atención en las mutaciones que parecen tener efectos más significativos en la infectividad del virus.